今はもうファイファンと呼ぶ人はいないのではないでしょうか。しかし私が中学校の時はどっちで呼ぶか議論になることもありました。結論としては
エフエフと呼ぶのは関東、ファイファンと呼ぶのは関西

という区分けでした。なぜこのような区分けになったかは謎。
しかし、同じくスクエニの代表RPGであるドラゴンクエストについては、ドラクエの愛称で親しまれている。
であれば、ファイナルファンタジーもファイファンと呼ぶのが自然だと思うが。ゲームユーザー300名に調査した結果がネットにあった。
ファイファン 17%
エフエフ 70.7%
どちらでもない 12.3%
子供の頃ファイファンと呼んでた人は、いつの間にかエフエフと呼ぶようになったり、周りがエフエフと呼んでいるから、合わせてそう呼ぶようになったという人もいるみたいです。
またサガのプロデューサーである河津氏によると
スクウェアのゲームソフトで「ディープダンジョン」ものがあり、その略し方がDDだった。その後に発売されるファイナルファンタジーを名付けるときも、「略した時にアルファベットが2文字重なるもの」を意識したとの事です。

今ではエフエフが定着していますが、20年前は意見が半々で別れるほどファイファン派がいました。20年の時を経てようやく、元のさやに収まったということでしょうか。